국정원이 2022년 11월부터 민노총·창원·제주 간첩단 사건 수사를 본격화하며 북한 연계 혐의자 100여 명을 포착했지만, 대공수사권 폐지로 인해 수사를 진행하지 못하고 내사 대상자로만 분류돼 있는 것으로 드러났다. 2020년 12월 국정원 대공수사권 폐지 후, 국정원은 3대 간첩단 사건에 대한 내사를 진행했지만, 실제 검찰이 기소한 인원은 11명에 불과했다. 전직 국정원 간부 하동환씨는 국정원이 충분한 시간을 두고 간첩 활동 여부를 규명해야 했지만, 당시 명백한 증거가 확보된 자들만 피의자로 특정해 수사에 착수할 수밖에 없었다고 밝혔다. 국정원의 내사 대상자 명단은 경찰에 제공되지 않았으며, 전문가들은 경찰의 대공 수사력으로는 간첩단 수사를 감당하기 어려울 것이라고 지적했다.